Nuestra Cofradía tiene su Sede Canónica en la Iglesia de San Francisco perteneciente al Real Convento de Santiago de Vélez-Málaga; convento en el que los Padres Franciscanos residen en Vélez-Málaga desde 1.498. El Señor del Huerto y María Santísima de los Desamparados, tienen ubicada su capilla junto al Altar Mayor de la Iglesia y presidiendo la nave lateral de la misma. Cuenta con una antecapilla, en cuyas bóvedas se recogen una serie de frescos de la época.

Esta Cofradía, tras fusionarse, traslada su Sede Canónica desde la Parroquia de San Juan Bautista a la Iglesia de Santiago del Real Convento de San Francisco. En la mencionada Iglesia, las Sagradas Imágenes, ocupan la capilla anexa al Altar Mayor, la cual ha sufrido varias restauraciones, una en el año 1.997 y otra en el año 2.009, presidiendo la nave lateral izquierda de la Iglesia.